Synteny

En la genética clásica, el synteny describe la co-localización física de lugares geométricos genéticos en el mismo cromosoma dentro de un individuo o especies. El concepto se relaciona con el encadenamiento genético: el Encadenamiento entre dos lugares geométricos es establecido por la observación de frecuencias de la nueva combinación lower-expected entre ellos. En contraste, cualquier lugar geométrico en el mismo cromosoma es por definición syntenic, aun si su frecuencia de la nueva combinación no puede ser distinguida de lugares geométricos desatados por experimentos prácticos. Así, en la teoría, todos los lugares geométricos unidos son syntenic, pero no todos los lugares geométricos syntenic necesariamente se unen. Del mismo modo, en genomics, los lugares geométricos genéticos en un cromosoma son syntenic sin tener en cuenta si esta relación puede ser establecida por métodos experimentales como ADN sequencing/assembly, andar del genoma, localización física o hap-correlación.

Los estudiantes de la genética emplean el término synteny para describir la situación en la cual dos lugares geométricos genéticos se han asignado al mismo cromosoma, pero todavía pueden ser separados por una distancia bastante grande en unidades del mapa que el encadenamiento genético no se ha demostrado.

El Encyclopædia Britannica da la descripción siguiente de synteny:

Synteny compartido

Synteny compartido (también conocido como conservado synteny) describe la co-localización conservada de genes en cromosomas de especies diferentes. Durante la evolución, los cambios de lugar al genoma como desplazamientos del cromosoma pueden separar dos lugares geométricos aparte, causando la pérdida de synteny entre ellos. A la inversa, los desplazamientos también se pueden afiliar a dos piezas antes separadas de cromosomas juntos, causando una ganancia de synteny entre lugares geométricos. Más fuerte de lo esperado compartió synteny puede reflejar la selección para relaciones funcionales entre genes syntenic, como combinaciones de alleles que son ventajosos cuando heredado juntos o compartieron mecanismos reguladores.

El término a veces también es usado para describir la preservación del pedido preciso de genes en un cromosoma transmitido de un ancestro común, aunque muchos genetistas rechacen este uso del término. El análisis de synteny en el sentido de pedido de genes tiene varias aplicaciones en genomics. Synteny compartido es uno de los criterios más confiables para establecer el orthology de regiones genomic en especies diferentes. Además, la conservación excepcional de synteny puede reflejar relaciones funcionales importantes entre genes. Por ejemplo, el pedido de genes en el "racimo de Hox", que son determinantes claves del plan del cuerpo de animal y que se relacionan el uno con el otro de modos críticos, esencialmente se conserva en todas partes del reino animal. Los modelos de synteny compartido o rupturas de synteny también se pueden usar como caracteres para deducir las relaciones phylogenetic entre varias especies, y hasta deducir la organización del genoma de especies ancestrales extinguidas. Una distinción cualitativa a veces se dibuja entre macrosynteny, la preservación de synteny en partes grandes de un cromosoma, y microsynteny, preservación de synteny para sólo unos genes a la vez.

Etimología

Synteny es un sentido del neologismo "en la misma cinta"; griego: syn = junto con +, tainiā = grupo.

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